La naissance de la seigneurie comme cadre économique et judiciaire est difficile à établir. On ne commence à vraiment comprendre le fonctionnement seigneurial qu'à partir du moment où la documentation est suffisamment abondante, c'est-à-dire à partir du XIIe siècle. L'historiographie, reprenant les analyses de Georges Duby, divise traditionnellement le fonctionnement seigneurial en deux institutions, la seigneurie foncière, c’est-à-dire le fonctionnement de la seigneurie comme un grand domaine, et la seigneurie banale, l’exercice de droits ressortissant du fonctionnement public et pouvant s'exprimer notamment par la contrainte sur les hommes soumis à la seigneurie, droits que les hommes du Moyen Âge nommaient ban. Cette distinction est cependant contestée non seulement parce qu'elle n'apparaît pas dans les sources médiévales, mais aussi et surtout parce que le principe même de la seigneurie tient à la fusion de la domination foncière et du pouvoir de commandement.
Le seigneur
Le possesseur d'une seigneurie porte le titre de « Seigneur » ; il peut être un individu, dans la très grande majorité des cas un ressortissant de la noblesse, mais aussi une personne morale le plus souvent une institution ecclésiastique telle une abbaye, un chapitre cathédral ou canonial ou un ordre militaire. Le pouvoir du seigneur s'exerce par divers intermédiaires, dont le plus important est le bailli. Le souverain peut aussi être seigneur ; les seigneuries qu'il possède forment le domaine royal. Le titre de seigneur est aussi accordé, surtout à l'époque moderne, à des individus titulaires de fiefs nobles qui ne sont pas pour autant des seigneuries. Ces « seigneurs » sont parfois appelés sieurs, à ne pas confondre avec « sire », terme équivalent à celui de seigneur à l'époque médiévale. L'individu dont relèvent un ensemble de censives peut porter le titre de seigneur censier ; celui qui possède le droit de haute-justice porte le titre de seigneur justicier. Le titre de seigneur de paroisse est parfois appliqué aux seigneurs ayant autorité, notamment comme patron, sur une église paroissiale. Les modes de la détention de la seigneurie varient : elle peut être tenue en fief, c'est-à-dire conférée par une personne à une autre en échange de services, ou en alleu, sans aucune dépendance. La personne conférant un fief à un autre est dénommée seigneur, même si le fief en question n'est pas une seigneurie, ce qui peut entraîner des confusions. Dans ce cas, pour des raisons de clarté, l'expression « seigneur féodal » peut être employée.
La seigneurie foncière
Le seigneur est le propriétaire direct ou éminent des biens fonciers de sa seigneurie. La notion de propriété absolue sur un bien ne peut s'appliquer, car d'autres que l'utilisateur principal ont des droits sur ces biens. On distingue dans la seigneurie foncière deux ensembles : la réserve qui est l'ensemble des biens dont le seigneur se réserve l'exploitation directe, et les tenures, biens dont l'exploitation est confiée à un tenancier contre paiement d'une redevance, dénommé le plus souvent cens, et de services comme la corvée. La répartition entre réserve et tenures varie selon les époques et les régions. Dans les tenures les seigneurs détiennent ce que l'on appelle la propriété éminente, quand le tenancier n'a que la propriété utile. Les tenures de la seigneurie et leurs différentes mutations sont inscrites dans un livre terrier, soigneusement conservé puisque déterminant quels sont les droits du seigneur sur chaque terre. La plupart des seigneuries foncières ont une assise rurale, mais il n'est pas rare de rencontrer des seigneuries urbaines, souvent aux mains de seigneurs ecclésiastiques. Ces seigneuries sont globalement plus difficiles à étudier que les seigneuries rurales à cause de leur grand enchevêtrement. À Paris existaient ainsi les seigneuries de Notre-Dame, de l’abbaye Saint-Germain-des-Prés, du Temple...
La taille des seigneuries est très variable : certaines ne peuvent comprendre qu'un hameau, d'autres des régions entières. La seigneurie a longtemps été liée à la figure du château fort, qui serait son centre de direction en même temps que son expression la plus forte. En fait nombre de seigneuries, notamment, mais pas exclusivement urbaines, n'ont jamais contenu de château. À l'inverse il pouvait exister plusieurs châteaux dans une même seigneurie. Lorsque le seigneur réside sur sa seigneurie, il y possède au moins un logis seigneurial, dont le rôle est aussi symbolique, démontrant l'autorité du seigneur sur « ses » hommes. À l'époque moderne, certaines constructions sont en théorie réservées au logis seigneurial, comme les girouettes ou le pigeonnier. Bien que les seigneurs fonciers exercent toujours en théorie leur propriété éminente, en pratique il leur devient vite impossible d'exercer les droits qui en ressortent, tels que l'expropriation, sur leurs tenanciers. Toutefois, les droits ressortissants de la seigneurie banale assurent aux seigneurs une réelle autorité sur les tenanciers. Il arrive même que dans des régions de seigneuralisation tardive, telle que la Prusse de l’ordre Teutonique, les droits de la seigneurie foncière, tels que la corvée, soient transcendés par des droits d'origine banale comme le servage1.
La seigneurie banale
La seigneurie banale est l'exercice de prérogatives d'essence publique sur les hommes dépendants d'une seigneurie. Ce droit de ban est dans bien des cas un pouvoir de contrainte, qui assure au seigneur des revenus bien supérieurs à ceux de la seigneurie foncière. Le ban se diffuse dans la plupart de l'Occident dans la seconde moitié du XIe siècle. Il se manifeste notamment par des services et des redevances fortes, mais dont la composition et l'importance varient fortement selon les régions et les époques. On peut citer les droits d’ost, c'est-à-dire d'obligation de participer aux actions militaires du seigneur, les droits de péages sur le passage des marchandises, les droits sur les héritages ou le contrôle des installations agricoles villageoises comme le pressoir, le moulin ou le four. Le contrôle de la justice par le seigneur est peut-être l'héritage le plus important de la seigneurie banale, mais les pouvoirs royaux s'attachent dès le Moyen Âge à restreindre ce contrôle sur la justice.
La seigneurie banale semble plus affaiblie en milieu urbain qu'en milieu rural, notamment dans les villes où coexistent plusieurs seigneuries. Les ressortissants peuvent jouer des différentes juridictions seigneuriales les unes contre les autres. Le mouvement communal, qui voit les habitants des villes donner naissance à des institutions propres, s'accompagne souvent de la suppression des droits d'origine banale, par rachat ou cession du seigneur. Comme la seigneurie foncière, la seigneurie banale peut se diviser, par voie d'héritage ou de cession. Cette division peut ne porter que sur l'un des droits ressortissants de la seigneurie banale, ce qui peut complexifier à l'extrême le schéma de détention de la seigneurie. Ces co-seigneuries sont particulièrement présentes dans le midi de la France, mais peuvent se retrouver partout.
La coseigneurie
Une seigneurie peut être partagée de manière indivise entre plusieurs titulaires, soit par héritage, soit parce que deux seigneurs sont conjointement à l’origine de la création d’une bastide.
La seigneurie à l’époque médiévale
Les origines de la seigneurie
Une position historiographique ancienne voyait dans le démembrement de la villa du bas Empire l'origine de la seigneurie. Aujourd'hui, on attribue plutôt à un remembrement du grand domaine un rôle moteur dans le développement de la seigneurie. Ce remembrement est difficile à observer, par suite du manque de sources, mais on peut tenter de distinguer plusieurs mouvements. Dans la zone méditerranéenne, on observe un mouvement de concentration des propriétés dès le Xe siècle notamment au détriment des alleux paysans. En Italie du Nord, le mouvement est particulièrement noté dans la remise de propriétés paysannes aux églises à cause de la pratique du prêt sur gage. En Catalogne, le mouvement se fait au profit non seulement des églises, mais aussi de l'aristocratie des comtes et vicomtes. En Italie centrale et méridionale, le phénomène majeur est celui de l’incastellamento étudié par Pierre Toubert : la population se rassemble dans des ensembles fortifiés qui deviennent les sièges d'autorités seigneuriales. Ailleurs, le mouvement de concentration est plus tardif : il s'observe en Mâconnais ou dans l’Empire au XIe siècle, puis au XIIe siècle avec la constitution des seigneuries cisterciennes ou prémontrées, même si ces dernières présentent des différences avec d'autres seigneuries monastiques, notamment dans le mode d'exploitation en faire-valoir direct.
Les conquêtes paysannes du XIIe siècle
Selon Georges Duby, le XIIe siècle voit la progression de la situation du paysan vis-à-vis du seigneur. Il distingue pour cela trois phénomènes : la persistance de l’alleu paysan, notamment l’alleu « clandestin », créé à la faveur des défrichements, la division des tenures entre plusieurs héritiers, cause de l’affaiblissement des impositions seigneuriales et la conquête de privilèges collectifs par les communautés paysannes. Il observe à cette époque une diminution de la rente foncière, notamment par l'affaiblissement des redevances pour les tenures, et une difficulté des seigneurs à prélever efficacement les nouvelles formes d'imposition dues à la seigneurie banale. Dans le contexte de communications difficiles du Moyen Âge, le seigneur est forcé de recourir à des intermédiaires, qui diminuent d'autant le montant des prélèvements. Tout ceci explique selon Duby le rééquilibrage des profits seigneuriaux sur la réserve, exploitée en faire-valoir direct. La réserve rassemble bien souvent les meilleures terres de la seigneurie, quand elle ne rassemble pas la majorité des terres seigneuriales, comme en Angleterre. Elle est exploitée par des groupes d'ouvriers agricoles, qui ne disposent que d'une micro-tenure et dépendent donc du travail accordé par le seigneur dans sa réserve.